Los objetivos de la Asociación Ecuatoriana de Mastozoología son:
- Establecer una Asociación de información y cooperación entre investigadores y técnicos que aporten al conocimiento de la mastozoología del Ecuador.
- Fomentar el desarrollo científico y tecnológico de la Mastozoología en el Ecuador.
- Promover la investigación científica que tienda a la conservación y al manejo de la fauna de los mamíferos del país y su entorno.
- Auspiciar todas las actividades que promuevan la superación de la Mastozoología en el Ecuador.
- Identificar y promover intereses de investigación comunes entre sus miembros, con la finalidad de desarrollar estrategias de financiamiento y trabajo científico colaborativo en las áreas de su incumbencia.
- Servir como organismo consultor y de apoyo técnico en el desarrollo de políticas nacionales de manejo y conservación de la mastofauna.
- Organizar Congresos Ecuatorianos de Mastozoología.
- Organizar cursos, simposios y seminarios sobre Mastozoología o sus diferentes ramas en el Ecuador.
- Representar a los Mastozoólogos dentro de entidades nacionales como la Sociedad Ecuatoriana de Biología.
- Representar al país dentro de la Red Latinoamericana de Mastozoología o en otros grupos o foros internacionales afines, si así es de su interés o a petición de sus miembros.